Nanofiltrasyon, ters ozmoza benzer bir prensiple çalışır, ancak membran yapısı daha geniş gözeneklere sahiptir. Bu durum, düşük moleküler ağırlıklı organik maddelerin, sertlik elementlerinin ve belirli miktarda tuzların uzaklaştırılmasını sağlar. Sistem, özellikle sertlik giderimi ve suyun mineral içeriğinin dengelenmesi için kullanılır.